Após a vitória de Minamoto-no-Yoritomo (1147–1199) na Batalha de Dan-no-Ura – que pôs fim à Era Heian –, Yoritomo impôs o reconhecimento dos cargos de shugo (comandante de segurança nacional instalada em cada “nação”) e de jitô (administrador de shôen e cobrador de impostos), dando início à nova era dos samurais, ou seja, ao xogunato de Kamakura. O sistema de xogunato sobreviveu ao longo do tempo, até a restauração Meiji, em 1868.

Os vassalos de Minamoto-no-Yoritomo eram chamados de gokenin, indivíduos que tiveram reconhecidas as terras herdadas há várias gerações como propriedade particular, ou aqueles que receberam terras. Os vassalos beneficiados dessa forma passavam a dever fidelidade e serviços a Yoritomo. Foi assim que começou a era feudal japonesa, com Yoritomo nomeando seus principais gokenin para shugo e jitô, a fim de ficar com o controle das terras públicas e dos shôen (latifúndios), aumentando seu poder político. Em Kamakura, ele instalou os três poderes: o militar, denominado samurai-dokoro; o executivo, responsável pela administração e pelas finanças, denominado mandokoro; e do judiciário, denominado monchujo.

Em 1192, Yoritomo recebeu o título máximo dos samurais, o de seii taishôgun, falecendo sete anos depois, em 1199, devido à sequela obtida quando caiu de um cavalo. A partir daí, uma série de assassinatos entre os homens que se revezavam no poder abriu espaço para a implementação do regime regencial: o filho primogênito de Yoritomo, Minamoto-no-Yoriie (1182–1215), de 18 anos, sucedeu-o no cargo, tornando-se o segundo xogum. Entretanto, ele foi assassinado por Hôjô Tokimasa (1138–1215), sogro de Yoritomo, pai de sua esposa Masako (1157–1225). Em 1203, Minamoto-no-Sanetomo (1192–1219), segundo filho de Yoritomo, tornou-se o terceiro xogum, mas foi assassinado por seu sobrinho, filho de Yoriie. Depois disso, outros xoguns assumiram o poder, mas o controle de fato ficou com o clã Hôjô e seu séquito, formado por 13 principais gokenin, com o chefe do executivo detendo o poder. Foi o início do regime regencial.

A pena de exílio foi comutada pela primeira vez na História do Japão em 1221, quando a revolta liderada pelo imperador Gotoba foi contida; e o imperador, exilado. Bens e propriedades de nobres e de samurais que apoiaram o imperador Gotoba foram confiscados, e os gokenin que se destacaram na opressão da revolta foram nomeados jitô dessas terras confiscadas. Depois desse episódio, foi criado, em Quioto, na cidade de Rokuhara, o Rokuhara Tandai, órgão do xogunato de Kamakura onde funcionavam os três poderes: militar, executivo e judiciário, para vigiarem a corte e controlarem os samurais da região oeste.

Criação do Goseibai Shikimoku
Em 1232, Hôjô Yasutoki (1183–1242), regente da época, instituiu o Goseibai Shikimoku, uma lei com 51 cláusulas, pois as leis vigentes, estabelecidas há mais de 500 anos, por sua complexidade, não eram compreendidas pelos samurais que viviam no interior, e isso poderia acarretar algum julgamento equivocado.

Ataque mongol
No século XIII, mais um nome fez história na Ásia: Gêngis Khan (1167–1237), líder do povo nômade da planície mongol, que unificou a Ásia Central. Seus descendentes deram continuidade ao seu trabalho e foram ampliando o território dominado. O quinto sucessor do império mongol, Khublai Khan (1215–1294), instalou-se em Pequim e mudou o nome do país para Yuan, depois de aniquilar a dinastia Sung e de dominar toda a China, estendendo seu império até a península coreana. Khublai enviou, por diversas vezes, mensageiros ao Japão, o único país do Oriente a manter sua independência, com o intuito de subjugá-lo. Porém, Hôjô Tokimune (1251–1284), xogum dessa época, matou o mensageiro, atraindo a ira de Khublai, que atacou por duas vezes o Japão, em 1274 e 1281.

Na primeira vez, Khublai Khan desembarcou com sua tropa na Baía de Hakata, província de Fukuoka, Ilha de Kyushu. O Japão teve dificuldades para conter os inimigos, porque os samurais não estavam preparados para um ataque em massa. Outro fator contra os japoneses eram as armas de fogo da força inimiga, até então desconhecidas no arquipélago. Entretanto, um tufão dizimou a frota inimiga, fato que foi encarado como sorte pelos japoneses. No segundo ataque ao arquipélago, Khublai levou duas tropas, contudo, o Japão estava melhor preparado, pois tinham erguido uma muralha de pedra e defenderam-se bravamente do ataque inimigo. Além disso, mais uma vez o Japão foi salvo por um tufão e os soldados mongóis foram tragados pelas altas ondas do mar.

Os japoneses denominam os tufões que salvaram o Japão da invasão mongol de kamikaze, ou seja, vento divino, pois passaram a acreditar que os deuses mandaram o vento forte para salvar o país. Apesar dessas derrotas, Khublai tinha planos para atacar novamente o Japão, mas eles não se concretizaram.

De acordo com estudiosos, essa tentativa de invasão estrangeira estimulou a consciência nacional entre os japoneses, assim como o fortalecimento do senso de defesa do país em relação às nações estrangeiras.

Os dois ataques mongóis fizeram com que os gokenin, os nobres e os monges empregassem muito dinheiro e esforço espiritual para defender os territórios japoneses, e o xogunato de Kamakura não dispunha de mais terras a serem distribuídas para aqueles que se destacaram na batalha. Dessa forma, cresceram as insatisfações e, em 1333, o clã Hôjô foi destituído por Ashikaga Takauji (1305–1358), que era um dos gokenin. Foi o fim o xogunato de Kamakura, que perdurou durante mais de 150 anos.